Activités de recherche du laboratoire de Sophia Antipolis
Recherches sur la fièvre Q
Les efforts de recherche sont mobilisés pour améliorer les connaissances opérationnelles sur la fièvre Q, une maladie qui peut se transmettre des animaux à l’Homme. Ils contribuent notamment à sa surveillance dans le cadre de la loi de santé animale, la fièvre Q ayant été catégorisée E (à surveillance obligatoire) en 2021. Les recherches sont ainsi consacrées aux outils diagnostiques et épidémiologiques, que ce soit pour l’évaluation et l’amélioration des tests existants ou le développement et la validation de nouveaux tests. L’unité cherche notamment à développer et à mettre en place des méthodologies pour évaluer la viabilité des bactéries détectées dans l’environnement, étudier les formes de résistance de C. burnetii, responsable de la fièvre Q, afin de mieux caractériser les conditions de sa persistance et de comprendre les risques infectieux dans l’environnement. Enfin, des indicateurs pour l’efficacité, le suivi et la levée de mesures sanitaires sont définis.
Études génétiques
Ces recherches collaboratives sont complétées par des études sur la phylogénie et la caractérisation de la plasticité génomique des souches circulantes de C. burnetii. Après avoir contribué à développer un référentiel des génotypes au sein des principales zones d’élevage de ruminants domestiques en France, l’équipe a entrepris le séquençage de génomes complets de souches isolées de différentes espèces de ruminant. Grâce aux récentes avancées technologiques dans ce domaine, ses travaux visent à disposer d’une méthode de génotypage haute résolution (tracing), haut débit et standardisable, afin de faciliter les exploitations, et applicable sur des prélèvements environnementaux.
Les perspectives sont de progresser dans une approche « One Health », pour consolider un appui aux gestions de crises (cas humains groupés) et à la prévention des risques sanitaires. Les études de phylogénie (liens de parenté entre les souches) en comparant les génomes des souches prélevées sur des animaux et de l’environnement (tiques comprises), à celles infectant les patients, seront combinées à des estimations du risque infectieux dans l’environnement. Ces études multipartenaires sont essentielles pour apporter des connaissances sur l’exposition aérienne des professionnels agricoles et de la population générale à Coxiella burnetii et pour une meilleure compréhension des scenarii de transmission, des conditions d’émergence et d’amplification des foyers animaux ou des épidémies de cas humains.
Recherches sur la pathologie des abeilles
Les travaux de recherche sur la santé des abeilles visent en particulier à :
- enrichir l’arsenal d’outils pour l’étude de la variabilité génomique des dangers biologiques pouvant affecter les abeilles et pour le suivi et la gestion des épidémies ;
- décrypter les interactions entre les différents agents pathogènes de l’abeille et l’impact des co-expositions sur la santé de cet insecte, en étudiant notamment les interactions subtiles, grâce à des méthodes d’analyses à plus haut débit ;
- participer à établir l’état des lieux du développement de la résistance aux médicaments vétérinaires utilisés pour les abeilles ;
- étudier l'impact des pesticides et des divers agents pathogènes biologiques (virus, bactéries, parasites, espèces invasives) sur les populations apiaires, seuls ou en co-exposition ;
- caractériser les agents pathogènes (génotypage et génomique), par la compréhension de leur éco-épidémiologie et de leur évolution.
Les études in vivo sont effectuées en insectarium et dans un rucher expérimental.
Projet de recherche
PoshBee (2018-2023)
Pan-European assessment, monitoring, and mitigation of stressors on the health of bees
Financement : Commission européenne (programme H2020).
L'unité participe à ce projet notamment en menant un des workpackages. Elle est en charge de coordonner le travail de huit partenaires européens pour mesurer l’exposition des abeilles mellifères, des abeilles solitaires et des bourdons aux contaminants chimiques et aux agents pathogènes. L’influence de la nutrition sur la santé des abeilles est également prise en compte. Dans ce cadre, l’unité est engagée dans le développement et la validation de méthodes d’analyses, d’une part pour la quantification de plusieurs agents pathogènes en se basant sur des méthodes à haut débit et, d’autre part, pour la quantification de contaminants chimiques dans le nectar. Par ailleurs, l’unité a pour tâche de développer et de mettre à disposition une base de données, PoshBase afin d’entrer l’ensemble des résultats des partenaires du projet.